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1、胃肠道反应，包括恶心、呕吐、腹痛、腹泻、消化道出血。
2、食欲减退常见，偶见伪膜性或出血性肠炎等；大部分患者可通过调整剂量或改变给药方法加以控制，无需停药。
3、 2、肝功能损害，包括黄疸、丙氨酸氨基转移酶、碱性磷酸酶，γ－谷氨酰转肽酶等增高，长期口服可导致肝细胞坏死、脂肪肝、纤维化甚至肝硬变； 3、大剂量应用时，由于本品和其代谢产物沉积在肾小管而致高尿酸血症肾病，此时可出现血尿、蛋白尿、尿少、氮质血症甚或尿毒症； 4、可引起药物性间质性肺炎，此改变与MTX剂量及治疗时间无关，可能是一种特异性超敏反应，需停用MTX或加用激素治疗。
4、补充叶酸可以减轻或预防MTX引起的黏膜损害、胃肠道反应和全血细胞减少。
5、小剂量MTX治疗，严重的副作用少见。
6、 5、骨髓抑制：主要为白细胞和血小板减少，长期口服小剂量可导致明显骨髓抑制，贫血和血小板下降而伴皮肤或内脏出血； 6、脱发、皮肤发红、瘙痒或皮疹； 7、白细胞低下时可并发感染。
7、 所以在应用甲氨蝶呤时要定期检查肝肾功能、血尿常规及胸片等。
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